Ocupa todo el Este de la provincia de Guadalajara, con una extensión próxima a los 3.000 kilómetros cuadrados, conformándose en una comarca con una personalidad tanto geográfica como histórica muy acusada, singular y relevante. Desde el punto de vista geográfico el Señorío de Molina se presenta como una continua sucesión de páramos altos –con una altitud media de 1.200 metros- y valles que, al Sur de su territorio, se encajonan entre impresionantes farallones rocosos, labrados en el curso de los tiempos por la bravura de los ríos Tajo y Gallo, especialmente; la espectacularidad de estos paisajes y el riquísimo valor ecológico de esta zona del Señorío han supuesto la declaración de Parque Natural del “Alto Tajo”. Todo el Señorío de Molina está enclavado en las estribaciones meridionales del Sistema Ibérico, conformándose dentro de esta comarca pequeños subsistemas serranos como las Sierras de Molina, Caldereros, Selas, Menera y del Tremedal. Aunque su origen es histórico, desde el punto de vista también geográfico el Señorío de Molina se subdivide en cuatro sexmas: El Campo (NE de la comarca), El Pedregal (SE), El Sabinar (O) y La Sierra (S).

La ciudad de Molina de Aragón es el eje geográfico, histórico, político, social y económico del Señorío de Molina. Otras destacadas poblaciones de esta comarca son Corduente, Checa, Peralejos de las Truchas, Orea, Maranchón, Villel de Mesa, Tortuera y Tartanedo.