La comarca conocida como Alfoz de Burgos está situada en el centro de la provincia de Burgos. En esta comarca dejó su huella el ser humano desde la prehistoria: su presencia se ha detectado en utensilios de piedra (Pedernales) y pinturas rupestres (Yacimiento de Atapuerca). El hallazgo más importante es el de los restos humanos entre los cuales se han encontrado los correspondientes al antepasado más antiguo de Europa, el Homo antecessor, última especie común entre los neandertales, los Homo sapiens, y los del pre-neandertal Homo heidelbergensis. Se recomienda la visita al Museo de la Evolución Humana, donde se encuentran numerosos fósiles de estas especies.

En tiempos posteriores habitaron los turmódigos, un pueblo celtíbero, pacífico y laborioso, dedicado sobre todo al pastoreo. Los romanos atravesaron la comarca con la estratégica vía Aquitania y otras comunincaiones entre Burdeos, Tarragona y Astorga.

A finales del siglo X, el rey Alfonso III ordena al conde castellano Diego Rodríguez Porcelos que pueble y fortifique Burgos y Ubierna. Estas fortalezas protegieron a labradores y monjes que ocuparon la comarca; en 899 se funda la abadía de San Pedro de Cardeña la más importante de Castilla en fe, cultura y colonización, durantes estos dos siglos. Así entre los años 880 y 900 nacen muchos pueblos en la comarca.

El Camino de Santiago cruza el alfoz de oriente a occidente, uniéndose en la ciudad de Burgos los dos grandes ramales: el que viene de La Bureba atravesando el puerto de La Brújula y el procedente de La Rioja por el puerto de La Pedraja.

Entre los años 1808 y 1813, con ocasión de la invasión francesa la comarca fue una de las zonas españolas más castigadas por esta guerra, debido a su situación estratégica en la línea de comunicación entre Madrid y París.