Ya vimos en el apartado anterior cuáles eran las principales características que separaban a los nudibranquios de otros animales, y ahora nos vamos a centrar en su apariencia externa, para explicar qué son todas las cosas que estos animales llevan a cuestas y para qué las utilizan. A pesar de ser un grupo complejo, se pueden diferenciar claramente dos tipos de nudibranquios con diferentes características corporales y en las que todo submarinista ya se ha fijado en mayor o menor grado.

En los dibujos se pueden observar claramente estas diferencias. Las principales estructuras que tienen los nudibranquios, y en general la mayor parte de los opistobranquios (el grupo de moluscos al que pertenecen), son:
La cabeza se encuentra en la parte delantera del cuerpo. Muchas veces es difícil de ver, especialmente en los doriáceos, ya que está cubierta por el manto y lo único que se aprecia con claridad son los rinóforos. En la cabeza encontramos varios órganos bastante importantes:
Los tentáculos orales: como su nombre indica, son tentáculos, que se encargan de reconocer el terreno por el que el nudibranquio se desplaza, pero también se cree que pueden captar olores como los rinóforos. Son cortos en los doriáceos, pero en los aeolidáceos son bastante notables.
generalmente a los animales les interesa que tengan mucha superficie para que sea más fácil detectar esas sustancias que luego percibiría como olores; son abundantes los rinóforos lamelados, formados por una pila de laminillas dispuestas unas encima de otras o en vertical, con forma de pluma, de peine o de papilas. Debido a la forma de babosa del animal, los rinóforos están en continuo peligro, ya que ante el ataque de otro animal, se podrían perder fácilmente; para evitar esto los nudibranquios son capaces de retraerlos dentro del cuerpo, y algunos grupos han llegado a desarrollar una especie de vaina o collar que los protege y donde se pueden resguardar.
la superficie corporal. En opistobranquios no nudibranquios, como las liebres de mar, pueden estar cubiertas y protegidas en la cavidad paleal o protegidas por el manto en un lateral del cuerpo. En los doriáceos forman la llamada pluma branquial, situada alrededor del ano en la parte trasera del cuerpo, y que en ocasiones de peligro pueden retraerse como los rinóforos en algunos grupos. Los aeolidáceos carecen de branquias, pero los ceras, comentados a continuación, han pasado a tener esta función de forma secundaria pudiendo en algunos casos ramificarse para aumentar la superficie de intercambio.
Los ceras o ceratas: palabra que deriva de la griega keratos, cuerno, haciendo referencia a la forma más común que tienen, aunque pueden tener forma de maza o esfera. Están presentes en los aeolidáceos y básicamente son un saco relleno de líquido circulatorio. En la parte inferior del mismo hay una prolongación de la glándula digestiva y en la superior, y separada de la anterior, un saco llamado cnidosaco, con función defensiva y de la que hablamos en la parte de defensa. La función de los ceras es doble: defensiva y respiratoria, ya que el hecho de ser un saco lleno de líquido circulatorio con una piel bastante fina, los convierte en estructuras respiratorias similares a las branquias en las que es posible el intercambio gaseoso, como se comentó anteriormente. Su forma es muy variada, siendo las más comunes los tubulares, estrechos alargados, y los terminados en una hinchazón o maza.