Al tratarse las algas de unos organismos muy diversos, su biología también lo es y especialmente su forma de reproducción. En general, se puede decir que las algas pueden multiplicarse vegetativamente, o reproducirse sexual o asexualmente:

Calliblepharis jubata

fecundación; las células que intervienen llaman esporas, las cuales originan un nuevo talo directamente. La formación de estas esporas se realiza en los esporangios (foto derecha, esporangios de Undaria pinnatifida) y puede ser mediante mitosis (sin reducir la carga cromosomica), formando mitosporas, o mediante meiosis, originando entonces meiosporas. Los talos que producen esporas se llaman esporofitos; es fácil diferenciarlos generalmente al tener unas manchas o punteado, llamadas soros, que son agrupamientos de esporangios.Algo común a los principales grupos de algas es la alternancia de generaciones, que son las causantes de la aparición de los ciclos biológicos. Consiste en que tras la reproducción de un gametofito (al fecundarse los óvulos y los espermacios), en muchos casos no se origina otro gametofito, si no un esporofito; este esporofito produce esporas, que pueden originar un gametofito (ciclo digenético, dos generaciones) u otro esporofito que produce esporas por meiosis (ciclo trigenético, tres generaciones); el ciclo monogenético sería aquel en el que un gametofito originaría otro directamente. Esta alternancia de generaciones va asociada a una alternancia de las fases nucleares de la célula, ya que la carga de cromosomas se reduce a la mitad tras la meiosis, y se duplica tras la fecundación.
Un aspecto bastante curioso es que los gametofitos y esporofitos, aunque ambos sean de la misma especie, no tienen porque tener la misma morfología: si son semejantes, el ciclo es isomórfico, y si son diferentes, es heteromórfico. Los ciclos heteromórficos han dado bastantes problemas a los científicos, ya que al existir talos con diferente morfología, se da pie a considerarlos como diferentes especies a pesar de ser la misma, y en muchos casos el esporofito y el gametofito tienen nombres como si se tratase de diferentes especies. Esto es lo que ocurre con Asparagopsis armata y Falkenbergia rufolanosa, que aunque parezcan 2 especies se trata de la misma, pero el primero es el gametofito y el segundo el esporofito.

Asparagopsis armata

Falkenbergia rufolanosa
Otras veces una de las fases puede ser microscópica, como ocurre con el caso de las Laminarias: su gametofito es microscópico, pero los esporofitos pueden medir varios metros de longitud. Además, ocurre que una de las dos o tres fases es predominante sobre el resto, es decir, es la que más tiempo vive en la naturaleza; de esta forma se habla de la dominancia de una de las fases, como ciclos con gametofito dominante o esporofito dominante. Los diferentes tipos de ciclos los veremos para cada grupo de algas particular.